100 gram karpuz çekirdeğinde 30 gram protein bulunur ki bu karpuz çekirdeğini çok iyi bir protein kaynağı yapar. Günlük protein ihtiyacının %60ı sadece 100 gram karpuz çekirdeği ile karşılanabilir. Karpuz çekirdeği iyi bir protein kaynağı olarak kaslar, cilt ve diğer bağ dokularının onarımı ve gelişiminde faydalıdır.