Futbolcu Hakan Şükür'ün kardeşi Gökhan Şükür ile 2004 yılında evlendi ve bir yıl sonra boşandı. Türkücü Nihat Doğan ile nişanlanıp evliliğin eşiğinden dönen Seda Sayan, Türk halk müziği sanatçısı Onur Şan'la 1 Şubat 2008 tarihinde Çırağan Sarayı'nda İstanbul Büyükşehir Belediye Başkanı Kadir Topbaş tarafından kıyılan nikâhla evlendi.