Tutankhamun'un annesi ise adını bilmediğimiz başka bir kadındı. Yani Nefertiti, Tutankhamun'un üvey annesiydi. Tutankhamun'un aile bağları, o dönem kraliyet ailesi arasında yaygın olan ensest geleneği nedeniyle daha da karmaşık bir hal alıyor. Tutankhamun, Nefertiti ile Akhenaten'in kızları olan, yani yarı kardeşi Ankhesenamun ile evlenmişti. Yani Tutankhamun'un üvey annesi Nefertiti aynı zamanda ünlü firavunun kayınvalidesiydi.