Haziran 1989’da Humeyni’nin ölümünden sonra temmuzda oy çoğunluğuyla İran cumhurbaşkanı seçildi. Daha önce pek etkili olamayan yürütme organının yetkilerini artırarak güçlendi. Pragmatik bir politika izleyerek sertlik yanlısı İslamcılara karşı başarı kazandı. İran’ın uluslararası ilişkilerde yalnızlığa itilmesini önlemeye çalıştı. Savaştan çıkan ülke ekonomisini canlandırmak için yabancı sermaye yatırımlarından ve özel girişimden yararlanmak stratejisine uygun olarak, Avrupa’yla ilişkileri yenilemeye çalıştı. 1993’te, oy oranı düşmekle birlikte, yeniden cumhurbaşkanı seçildi. 2005 yılındaki cumhurbaşkanlığı seçimlerinde ilk turda daha fazla oy almasına rağmen, ikinci turdaki rakibi Mahmud Ahmedinejad’a geçilerek, yenildi. Haşimi son olarak İran İslam Cumhuriyeti Düzenin Yararını Teşhis Konseyi Başkanlığını yürütmekteydi.