Gönül Yazar, Derya Arbaş ve Neslihan Acar gibi isimlerle ilişki yaşayan Alptekin bu ilişkileriyle magazin gündemine damgasını vurmuştur. 

2004 yılından sonra hayatında büyük bir değişim başlatarak muhafazakar bir yaşam tarzını benimsemiş ve ibadete yönelmiştir. 

Yaşar Alptekin, Nilgün Altınyayla ile 1991 yılında evlenmiş, ardından boşanmıştır. İkinci kez dini nikahla hayatlarını birleştiren çiftin Ayris isminde bir kızı var.